Tan solo unos días después de los eventos de Pearl Harbor en diciembre de 1941, la Misión de Santa Cruz fue dedicada por el Arzobispo Lucey de San Antonio. La pequeña iglesia, que se construyó con el amor de nuestras treinta y cinco familias fundadoras, fue la casa espiritual de nuestro pueblo hasta que el nuevo santuario se terminó de construir en el 2000. Siempre fue un sueño de la parroquia poder reconstruir la iglesia antigua como una capilla para el nuevo campus. La piedra original, algunas vigas de madera originales, la campana, y la cruz de la antigua iglesia fueron utilizadas en la construcción de la nueva capilla. A pesar de ser más pequeña y con capacidad para solo 40 asientos, la nueva capilla tiene una apariencia similar a nuestra antigua iglesia. La capilla fue dedicada el 13 de diciembre del 2008 por el Obispo Gregory Aymond para celebrar el aniversario 67 de Santa Cruz.
La capilla está abierta diariamente para oración y adoración de 5am - 11pm.
Cada año la capilla está cerrada de Jueves Santo a Domingo de Pascua.
Nuestra Señora de San Juan ha sido siempre una figura central de la Iglesia Santa Cruz. La devoción a Nuestra Señora de San Juan origina en San Juan de los Lagos, un pueblo en México que se fundó poco tiempo después de que los españoles se ubicaran cerca de Guadalajara en el estado de Jalisco. Para 1623, una pequeña imagen de la Inmaculada Concepción, traída por los misioneros españoles, tenía ya un lugar prominente en la iglesia de San Juan de los Lagos. Ese año un acróbata profesional, su esposa, y dos hijas, estaban presentándose ahí. La hija menor sufrió un accidente fatal mientras practicaba. Una mujer indígena les sugirió que pusieran una imagen de Nuestra Señora sobre el cuerpo de la niña que había muerto, y pidieron la intercesión de la Madre de Dios. La niña fue vuelta a la vida inmediatamente. La autenticidad de este evento milagroso fue confirmada después en una investigación oficial hecha por las autoridades eclesiásticas. A partir de este milagro comenzó la devoción a Nuestra Señora bajo el título de Virgen de San Juan. Se extendió rápidamente por todo México, e incluyó lo que ahora se considera el suroeste de los Estados Unidos. La estatuilla de Nuestra Señora de San Juan en Santa Cruz se trajo desde México cuando la iglesia fue construida en 1941 y mantiene un lugar de honor en la capilla.